Les unités de recherche du CIREPs sont les suivantes :
- Droit, société et économie
- Homme et Société
- Santé et biomédicale
- Génie et technologie
- Développement rural et urbain
- Genre, Humanitaire, Sécurité et Paix
- Informatique appliquée
- Nutrition Humaine, Sécurité Sanitaire des Aliments et Santé